Die Astrid-Lindgren-Schule ging aus einer Elterninitiative hervor, in der vor 50 Jahren Eltern ein Bildungsrecht für körperbehinderte Kinder einforderten. Diese Eltern formierten sich zum
„Verein zur Förderung spastisch gelähmter Kinder“
(mittlerweile „Verein für Körperbehinderte Allgäu“), der seinen Sitz zunächst in Augsburg hatte und Mitglied im Paritätischen Wohlfahrtsverband, Landesverband Bayern ist. Im Jahr 2008 feierten wir das 50 jährige Bestehen dieser Elterninitiative und der zahlreichen daraus entstandenen Hilfeeinrichtungen für Menschen mit Körperbehinderung im ganzen Allgäu.
Im Jahre 1970 wurde in Kempten als erste Einrichtung ein „Pflegenest“ für körperbehinderte Kinder eröffnet.
1978 wurde die „Private Schule für Körperbehinderte, Kempten/Allgäu“ gegründet, die den Unterrichtsbetrieb mit einer ersten Schulklasse für körperbehinderte Schülerinnen und Schüler aufnahm. Da zu dieser einen Klasse schnell weitere hinzu kamen, wurden in Waltenhofen und Hegge weitere Schulklassen eingerichtet.

1986 wurde das neue Schulhaus in Thingers gebaut, das für 60 Schülerinnen und Schüler und drei Vorschulgruppen geplant war. Da bereits beim Einzug die Zahl der Schulkinder auf 80 gestiegen war, mussten Gruppenräume zu Klassenzimmern umfunktioniert werden.

Durch die Erweiterung der Schule 1994 um die Werkstufe (heute Berufsschulstufe)und 1998 um die Klassen 7-9 aus dem Bereich „Individuelle Lernförderung“ (Teilhauptschulstufe II), wuchs die Zahl der Schulkinder kontinuierlich weiter, so dass 1997 mit dem Start des Schulhauserweiterungsbaues begonnen wurde. Dieser wurde 1999 fertig gestellt und beherbergt neben 7 weiteren Klassenzimmern die Fachräume für Informatik, Hauswirtschaft, Textilarbeit und Werken.
Zum Schuljahr 2001/2002 wurde an die Astrid-Lindgren-Schule eine Berufssonderschule angegliedert, in der das Berufsvorbereitungsjahr (BVJ) angeboten wird.
Seit dem Schuljahr 2006/07 verfügt die Schule über mehrere Partnerklassen an Grundschulen der näheren Umgebung Heiligkreuz. Erstmals ist seit dem Schuljahr 2011/2012 auch ein Grundschulklasse in unserem Haus untergebracht.
Zu Beginn des Schuljahres 2011/2012 besuchen 168 Schüler die Astrid-Lindgren-Schule.
Über 40 weitere körperbehinderte Schüler aus dem gesamten Allgäu an allen Schularten werden durch Sonderschullehrer unseres Mobilen Sonderpädagogischen Dienstes (MSD) vor Ort betreut.